王玉被关进马三家二大队,并被单独看管。到马三家后不久,曾有个司法部门的人来调查高蓉蓉被电击的事。高蓉蓉被酷刑折磨的事在海外曝光,使中共很紧张,也很害怕。当时王玉把大家被龙山警察毒打和电击的过程作了详细说明。王玉问对方,将来对违法打人的狱警是如何处理的会告诉她吗?来人竟说“不一定”。
当时王玉被迫害得身体已非常虚弱,因长时间绝食反迫害,她出现了习惯性呕吐。她还被强制去参加所谓的“学习”。邪悟的苑淑珍讲课时,她就在下面背法。后来马三家成立严管大队,王玉跟拒绝“转化”、拒绝做奴工的法轮功学员们关在一起。辽宁冬天很冷,屋子里不给暖气,有的法轮功学员脚都长了冻疮,肿了。一次因为炼功,王玉被狱警关在仓库铐在椅子上一天一宿,手冻得又红又肿。
还有一次,王玉和锦州的一位同修一起喊“法轮大法好”被狱警关进小号十天。那时正是隆冬季节,小号是个只有几平米的小屋,里面只有一个草垫子,在屋里呆不了多久人就会被冻透了。即使困了也睡不着,太冷了。小号里经常能听到其它小号中传来的“法轮大法好!”的喊声,一到这时,狱警怕大法弟子相互呼应,就打开收音机把音量放到最大进行干扰。在小号里吃的也是特制的饭菜:窝头、咸菜。去厕所也受限制,一天两次;不知道钟点,问狱警也不告诉你,因害怕大法弟子发正念。
长时间的关押、营养跟不上,又不能炼功,王玉身体每况愈下,头发大量脱落。
大约二零零五年年底,因为被非法关押的法轮功学员越来越少,整个大队又重新组建。原来专门用来看管坚修大法的那些邪悟者都被调走,换成警察。
二零零六年一月中旬,王玉又一次绝食。大年初二,被迫害的身体极度虚弱的她患了急性肾衰竭和糖尿病。直到这时马三家才不得不让她回家。